除鐵器現有運行控制方式有兩種：一是選擇現場就地手動控制模式，二是中控室啟動流程遠程自動控制模式。正常工作情況下，除鐵器的運行被置于自動控制模式。其運行控制方式為：

除鐵器啟動控制

除鐵器的啟動隨其所在皮帶機啟動運行，皮帶機啟動，其高壓控制柜內合位繼電器上的一對常開觸點接通，除鐵器得到運行指令開始運轉。

除鐵器停止控制

除鐵器所在的皮帶機停止，皮帶機控制柜上的合位繼電器失電，常開觸點斷開；除鐵器設置延時停機功能，在合位繼電器失電后延時10min，除鐵器停止運轉。